یکی از مهمترین بخش‌ها در حکمرانی فرهنگی کشور، مدیریت فرهنگی در سازمان‌ها و نهادهای فرهنگی می‌باشد. دلایل فراوانی را می‌توان برای ضرورت مدیریت فرهنگی عنوان کرد که عمده آن به نقش و کارکردهای فرهنگ در جامعه باز می‌گردد. فرهنگ در حقیقت راه و رسم و شیوه زندگی است و نقش آن برای یک جامعه به مثابه روح برای جسم آدمی است. تثبیت و نهادینه کردن الگوی فرهنگی انقلاب در سال‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی، با مشکلات و موانعی روبرو بوده است. بخشی از این عوامل بیرونی و از جریان بین‌الملل اطلاعات و هجوم فرهنگی سرچشمه می‌گیرد و بخشی دیگر از موانع، ریشه در عوامل داخلی، از جمله درک ناقص و بعضا نادرست از ماهیت، اهمیت، ساختار و کارکردهای فرهنگ و ضعف دستگاه‌های فرهنگی کشور می‌باشد.

ساختار حکمرانی فرهنگی در ایران نشأت گرفته از نظام سیاسی حاکم بر کشور است. برخی از نهادها و سازمان‌ها، ماهیتی حاکمیتی دارند، برخی ماهیتی دولتی و برخی دیگر نیز ماهیتی غیر دولتی / غیر حاکمیتی و به اصطلاح ماهیتی مستقل دارند و هر کدام از این نهادها و سازمان‌ها متولی و هدایت‌گر بخشی از مسائل فرهنگی کشور هستند.

نهادهایی همچون معاونت فرهنگی دفتر مقام معظم رهبری، شورای عالی انقلاب فرهنگی، شورای عالی فضای مجازی، کمیسیون فرهنگی مجلس، کمیسیون فرهنگی مجمع تشخیص مصلحت نظام، وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، وزارت آموزش و پرورش، سازمان تبلیغات اسلامی، سازمان حج و اوقاف و امور خیریه، سازمان صدا و سیما، وزارت فرهنگ و آموزش عالی،  سازمان فرهنگ و ارتباطات و …، تنها بخشی از فهرست بلند بالای ساختاری هستند که در عرصه مسائل فرهنگی به سهم خود نقش‌آفرینی می‌کنند و هر کدام از اعضای این ساختار اهداف و سیاست‌های خود را دنبال می‌کنند.

به نظر می‌رسد فقدان راهبرد واحد فرهنگی در نظام حکمرانی فرهنگی کشور یکی از مهم‌ترین مسئله‌های ساختار حکمرانی فرهنگی کشور است، هنوز چارچوب معینی برای طراحی راهبرد فرهنگی وجود ندارد، تعیین مرکز تدوین کننده چنین راهبردی ضرورتی انکارناپذیر است. از دیگر مسائل مهم این است که بین سیاستگذاران فرهنگی و اجراکنندگان، شکافی قابل تأمل وجود دارد و نهادهای فرهنگی ارتباط ارگانیکی با ساختار فرهنگی کشور ندارند، و در بسیاری از مواقع مصوبات این شوراها و نهادها فاقد وجاهت قانونی لازم برای اجرا در ساختار فرهنگی هستند.

تعدد مراجع تصمیم‌گیری و نهادهای سیاست‌گذار و نبود الگوی جامع و مدون برای سیاست‌گذاری در بخش فرهنگ یکی دیگر  از چالش‌ها و مسائل حکمرانی فرهنگی است. این ابهام و عدم شفافیت در تقسیم کار و وظایف نهادهای مختلف فرهنگی آسیب‌زاست و فقدان هماهنگی، هم‌افزایی و همگرایی بین دستگاه‌های فرهنگی منجر به کمبود اثربخشی آنان خواهد شد.

از دیگر مسائل مهم ساختار فرهنگی ضعف در ساختار مدیریتی نهادهای فرهنگی است. برخی از مدیران فرهنگی شخصیت‌های توانا و برجسته به لحاظ علمی و اجرایی نیستند و از تحولات سریع اجتماعی و فرهنگی عقب هستند و با عناصر پیچیده فرهنگ هماهنگ نیستند و ناتوانی مدیران در بخش فرهنگی سبب شده درک عمیقی از واقعیات فرهنگی کشور و ارزیابی درستی از شرایط کلی کشور نداشته باشند و اثربخشی برنامه‌ها و اقدامات فرهنگی کاهش پیدا می‌کند. در این بخش اغلب کارها با آزمون و خطا انجام می‌شود و مطالعه و تئوری فرهنگی نداریم.

کمبود ثبات مدیریتی در حوزه فرهنگ و تغییرات سریع و متعدد در این حوزه یکی دیگر از آسیب‌ها و چالش‌های حوزه فرهنگی است. متأسفانه مدیریت فرهنگ دراغلب استان‌ها و سازمان‌ها توسط مدیران سیاسی انجام می‌شود. لذا یکی از مهم‌ترین الزامات و بایسته‌های حکمرانی فرهنگی ایران قوی ارزیابی دقیق وضعیت موجود فرهنگی کشور و تناسب آن با آرمان‌ها، اهداف و اصول فرهنگی است، تغییر نگاه تصدی‌گرایانه دولت به سمت نظارت در حوزه فرهنگی و تقسیم کار نهادی در امر فرهنگ با تعیین مسئولیت و مسئولیت‌پذیر کردن و پاسخگو بودن نهادهای مختلف فرهنگی ضروری است.

دقت در انتصاب مدیران فرهنگی  بر مبنای برخورداری از استاندارد‌های مشخص تخصصی و حساسیت‌های فرهنگی  قابل بررسی است با عنایت به اینکه مدیران فرهنگی به اعتبار رسالت، وظایف و فعالیت‌های قابل انتظار از آنها باید از صفات و ویژگی‌هایی  ویژه برخوردار باشند و نکته پایانی اینکه  توزیع عادلانه سرمایه‌های فرهنگی اعم از کالاها، امکانات، نیروی انسانی و فضاهای فرهنگی در پهنه سرزمینی با در نظر گرفتن ملاحظات مربوط به تنوع فرهنگی در راستای تقویت مهارت‌های فردی و اجتماعی شهروندان از الزامات مدیریت فرهنگی و حکمرانی مناسب فرهنگی است.